حدود ۹۰٪ افرادی که توسط میکروباکتریوم توبركولوز الوده شده اند دارای عفونت نهانی می‌باشندوتقریبا بدون علائم تشخیص هستند. حدود یک دهم این افراد نهايتا به سل حاد مبتلا می‌شوند واگر بدون معالجه رها شوندبیش از نیمی از انها به مرگ منجر می‌شود. عفونت زمانی شروع می‌شود که میکرو باکتریومها به مكانی می‌رسند که مي توانند در آنجا تكثير يابند (اغلب درصورت ضعف دستگاه ايمني فرد). مکان اولیه شروع عفونت در شش که گون نامیده می‌شودوبه طور معمول در قسمت بالای لوپ پایينی یا در قسمت پایينی لوپ بالای ريه قرار دارد.در ابتدا باکتریها توسط سلول ايمنی برداشته می‌شوند و به آنها اجازه حمله مکرر داده نمیشود اگرچه این سلولها می‌توانند باسیلها را به محل گرههای لنفاوی ببرند٬ اما در مرحله دوم انتشار توسط جریان خون باکتریها به دیگر ارگانها انتقال میابند وکل بدن را می‌توانند الوده کنند.اگرچه تاثیرات سل بر روی قلب و ماهیجه‌های اسکلتی و پانکراس و تیروئید بسیار کم است.بیماری سل میتواند برای دیگر بیماری‌ها زمینه را نیز آماده کند.برای مبارزه با سل در داخل بدن ماكروفاژها ، لنفوسيتهای تی وبی و فیبروبلاستها که در بین سلولها قرار دارند با هم جمع شده و تشکیل گرانولار می‌دهند که در آن یاخته‌های عفونی توست لنفوسيتها احاطه می‌شوند و با این عمل از پراکنده شدن باکتریها جلوگیری کرده و محیطی برای فعاليت سیستم حفاظتی ایجاد می‌کند.در داخل گرانولارها لنفوسيتها سايتوكينهايی را ترشح مي كنند تا با فعال كردن ماكروفاژها باکتریها را نابود کند البته لنفوسيتها می‌توانند مستقیما نيز باکتریها را نابود کنند. اغلب باکتریها بطور کامل نابود نمی‌شوند و تعدادی به حالت کمون می‌روند و عفونت نهایی را ايجاد مي كنند.یکی دیگر از ویژگیهای گرانولار درانسان ايجاد سلول‌های مرده داخل خودش است که نکروزیس نامیده می‌شود. نکروزیس یک بافت نرم سفید پنیری رنگ است که با چشم دیده می‌شود (نكروز كازئوز).اگر چنانچه باکتریها راهی به داخل جریان خون مخصوصا در بافتهای آسیب دیده بیابند به دیگر اعضای بدن رفته و باعث انتشارعفونت می‌شوند و به صورت دانه‌های ریز سفید رنگ ظاهر می‌شوند.این نوع شدید بیماری بیشتر در کودکان خردسال یا بزرگسالان با ضعف ايمنی شایع است و سل ميلياري ناميده مي شود. سل ميلياري عليرغم درمان امار مرگ ومیر ۲۰٪درصدی دارد زيرا در بسیاری از موارد عفونت پیشرفت کرده و بافت های مختلفي درگير نكروز پنيري شده اند. در انواع شدید بیماری این حفره راهی به مسیر هوا پیدا کرده واین مواد سفید رنگ توسط سرفه بیرون می‌اید.این مواد شامل باکتری‌های زنده نیز بوده و همچنین روشي است براي انتشارعفونت.
