دوره درمان و تعداد داروی مورد مصرف بسته به شدت بیماری و قسمت‌های درگیر بدن متفاوت است ولی بطور متوسط بین شش ماه تا یک سال میباشد.آلودگی هم‌زمان به بیماری ایدز می‌تواند درمان بیماری را بسیار مشکل کند.درمان انواع مقاوم به درمان باسیل سل از چالشهای پزشکی است.در گذشته تنها راه‌های درمانی استراحت در جاهای خوش آب و هوا و در زیر نور خورشید،نیروبخشی جسمانی،دوری از کارهای سخت و رنجاور،ورزش سبک،گردش و شادی و خوش گذرانی و دوری از غم و اندوه،خوردن خوارکهای سودمند و نیروبخش بود.طول مدت درمان معمول ۶ ماه است که ۲ ماه اول مرحله حمله‌ای شامل ۴ داروی ایزونیازید، ریفامپین، پیرازینامید و اتامبوتول است و ۴ ماه بعدی در مرحله نگهدارنده از ۲ داروی ایزونیازید و ریفامپین استفاده می‌شود.
مشکلی که در ارتباط با آنتی بیوتیکها وجود دارد٬ مقاوم شدن باکتریها به آنتی بیوتیکها است. استفاده از آنتی بیوتیکها اغلب داراي عارضه نيز هست مانند عوارض کبدی .مقاومت در برابر انتی بیوتیکها که به طور منظم مصرف می‌شوند شامل مقاومت اولیه وثانویه‌است . مقاومت اولیه در افراد الوده به نوع شدید احتمال بيشتري دارد .برای این افراد نباید فقط داروهای با کیفیت پایین استفاده کرد.موضوع مقاومت دارويی یک مساله فراگیر است چرا که هرچه طول درمان بيشتر باشد نیاز به داروهای گرانتر (داروهاي سري دوم درمان) بیشتر می‌شود.مقاومت می‌تواند به صورت مقاومت چند دارويی نیز باشد. در زمان‌های گذشته روشهاي معالجه سل بیشتر بر رژيم غذایی متمركز بود.پلی ایلدر در کتاب تاریخ طبیعی اين روشها را بیان می‌کند : کبد گرگ همراه با شراب رقیق وچربی خوک همراه با سبزی و سوپ مغز خر ماده. نشان داده شده موشهايی که در رژیم غذایی خود ۲٪ پروتئین مصرف می‌کنند مرگ و میر بیشتری در اثر بیماری سل نسبت به موشهایی دارند که ۲۰٪ پروتئین مصرف می‌کنند وبا افزايش پروتئین در رژيم غذايي گروه اول مرگ و مير كم مي شود. .علاوه بر این امارها در بین مهاجران لندن نشان می‌دهد افرادی که گیاه خوارند وگوشت وماهی مصرف نمی‌کنند ۸٫۵ برابر بیشتر در معرض سل قرار دارند چراکه مبتلا به سوء تغذیه هستند.
